La herramienta del RPC no permite informar a más de un adjudicatario por lote. En este caso, para resolver la situación, actualmente, es necesario crear un lote para cada adjudicatario, es decir, si tienes 2 adjudicatarios por el lote X, tendrás que crear 2 lotes y adjudicar uno a cada adjudicatario.
IMPORTANTE: Si cuando te das cuenta de este hecho, ya has grabado el contrato con el número de lotes de forma incorrecta habrá que borrar el contrato y volver a crearlo con el número de lotes correctos.